Структуру НОЭКТ образуют региональные отделения, филиалы и представительства, являющиеся структурными подразделениями организации, которые осуществляют свою деятельность на основании Устава НОЭКТ, а также в соответствии с законодательством Российской Федерации.

На данный момент функционируют 5 региональных отделений НОЭКТ:

⦁ Ростовское отделение НОЭКТ;
⦁ Московское отделение НОЭКТ;
⦁ Нижегородское отделение НОЭКТ;
⦁ Хабаровское отделение НОЭКТ;
⦁ Астраханское отделение НОЭКТ;

Кроме этого, в Организации предусмотрены следующие органы управления:

⦁ Общее собрание;
⦁ Правление;
⦁ Президент;
⦁ Этический комитет.